Research

微生物は、成層圏から地下数kmの岩盤まであらゆる環境に生息し、地球環境の創成にも関与しています。多種多様な微生物が環境に生息していますが、ほんの少数のみが病原菌やヒトにとって有用な微生物として認識されています。ほとんどの場合において、どんな機能をもったどんな微生物が生息環境において何をしているのかは不明のままです。
現在、生命に関する多様なデータが大量に得られるようになっています。これらのデータは相互に、また複雑に連携していますが、その基盤となるのはゲノム情報です。私たちは、ゲノム情報を核として、バイオインフォマティクスを駆使し多種多様な情報を結びつけることで、新たな生物学的知見を導こうとしています。

	土壌や海洋、ヒトの腸内といった環境から直接得られた多量の遺伝子配列を解析します。我々の研究室では特にヒト腸内細菌叢、土壌に焦点を当てた解析をしています。
	腸内に住む微生物、病原微生物または藻類などのゲノムを主な対象とした比較ゲノム解析を行なっています。特定の種に特異的な代謝機能の発見や、進化的な知見の発見を目指しています。
	加速度的に膨れ上がるゲノム及びメタゲノム情報から新たな知識を発見するため、セマンティックウェブの技術を応用した知識データベースの開発しています。
	メタゲノム配列などの大規模なデータを高速に検索するため、GPUを利用した高速な遺伝子類似性検索ツールの作成などを行なっています。
	土壌などから得られたメタゲノム解析のデータを用いて、細菌群集の刺激に対する動態を解明するためのモデル化及びシュミレーションを行なっています。
	ゲノム情報などの大規模データを俯瞰的に可視化することは見た目の美しさだけでなく、新たな知見の発見に非常に重要です。我々の研究室では特に代謝ネットワークの全体像の可視化や、メタゲノム解析で得られた遺伝子断片からサンプルの細菌組成を俯瞰するためのツールの開発などを行なっています。